基因检测报告的结果如何建立再分析流程？王小冬、吴士文、黄辉、黄颐

讲者：王小冬 赛福基因遗传解读技术总监

题目：基因检测报告结果再分析的必要性和可行性

嘉宾发言：

吴士文 武警总医院神经内科主任医师

黄 辉  深圳华大基因股份有限公司遗传咨询&遗传病产品总监

黄 颐  明码（上海）生物科技有限公司医学遗传高级研究员

王小冬

吴士文

刚才提到再分析的问题，作为一个临床大夫来说，可以分为两个问题：第一个问题是我想要的基因没有找着，第二个问题是找到的基因，我不认识它，认为它不是致病的。

第一个问题包括几个方面：第一个可能涉及到方法的问题，我们接诊的肢带型肌营养不良的病人，隐性遗传，找到一个致病突变，无义突变，另外一个没找到的怎么办？需要选择另一个方法。大家知道DMD大片段缺失，我们先做MLPA，但是作为常规来说，其它的基因没有做MLPA，可能就丢失掉这一部分。所以需要选择另一个方法去补充，需要加做MLPA。另外，千分之三的DMD病人是内含子区中间致病性变异，MLPA检测不到，需要反转录做cDNA测序。2017年年底在德国开会他们现在做的很多项目是RNAseq。我们在找不到突变的时候，需要通过实验室的方法来补充，包括MLPA、RNA测序等方法。这就涉及到费用的问题，这部分钱谁出？这是需要以后探讨的问题。解决问题的核心是医生和检测机构的沟通，医生一定要强调，我高度怀疑某一个疾病，临床和免疫组化等检测高度提示某一种疾病，需要通过改变或者补充实验方法，来完善检测流程。

第二个问题是测到了一堆的变异，但是我不认识这些基因，我认为它们不是致病基因，这时怎么办？第一我们要更新知识，就需求看文献。还有一种情况是你不知道这个疾病，就是我们上次查到一个血管病，查到它是努南(Noonan)综合征的致病基因的无义突变，文献已经报道过了，但是他们认为这个基因与血管病没关系，这个病人是异常的颅内动脉扩张延长症。如果我们深入分析，查阅大量文献会发现，过去已经有好多文献也报道了努南(Noonan)综合征的这个基因突变可以引起冠脉异常扩张，可以引起血管的异常扩张，也会引起颅内动脉的异常扩张。所以说文献的大量阅读和分析，检测机构与我们医生紧密的沟通，交流意见，可能会有更好的方法。

黄 辉

谢谢顾大夫、黄老师！我是来自华大基因的黄辉，刚才接着黄老师的话题，我给大家review一下之前疑难遗传病诊断联盟的进展。我们是去年10月在黄老师的发起下成立的联盟，之后华大基因找到了四个在临床用全外显子测序的方式检测后，分析结果是阴性的病例，然后上传，给各个检测机构、医生和个人都开放，然后让大家一起来做分析。

非常可喜的是，我们的四个病例里面有三个都在后期机构的努力下找到了疑似的致病位点，我们现在正在验证中，这四个其中三个是大概什么情况，我简单说一下。其中一个就是刚才老师提到的“深度内含子”这样的区域是我们临床检测范围之外的，另一个就是全外显子组测序结果可以检测到CNV，但是准确度不保证，这也是一个机构分析出来的。还有一个是低质量过滤掉的，后来经过分析也找出来了。

这也是给出我们一个很好的提示，如果我们聚集大家的力量，能够解决更多疑难、未知的秘密。我们把这个结果发布出去后，有两个患者直接找到了我们，他们自愿提供自己的数据来供大家一起分析。在我们软文发表后这段时间里，我们一共收到了50多家机构、个人、医院的数据申请，我们会先签订保密协议以后，然后把数据发放出去，希望大家都能够为这个联盟来贡献自己的力量，贡献案例、贡献数据都可以，大家一起解决这些疑难问题。

非常感谢！

黄 颐 

我是来自明码生物科技医学遗传团队的黄颐，今天非常高兴来到这里，刚刚提到了一些问题，我觉得是在原来的数据上面增加了一些实验。所以我想把这个topic收回到如果是在已知的数据上面重分析时，有什么需要注意的。我自己觉得其实在这个环境里面最重要的就在于再分析的发起。

我觉得可以分成两大类。第一类是源于各种研究的进展。刚刚王老师已经举了一个非常好的例子了，其实在我们自己的全外case里面也出现过原来是一个阴性的报告，但后来又发现文献里面新发现的一个突变位点就是那个基因，从而导致这个case升级为一个阳性报告的案例。另外想再补充一种情况，例如ACMG的incidental findings从 56个基因升级为59个基因的时候，基因列表就会改变，我们会推荐有签知情同意书的一些case针对更新后基因列表的变异进行重新分析。这些是科学研究或者临床研究进展中发起的一些新的分析。

    另外，我非常想强调的是第二类，即临床方面的发起。这里面也可以分成两部分，第一部分，例如说如果受检者在受检的时候还是一个非常小的孩子，一个新生儿，这种时候可能临床表现和初诊症状并不是这一个疾病最经典、最核心的一些表型。可能随着时间的推移会有更多的表型出现，甚至可能到后期出现一些跟一开始并不是同一种疾病的表现。这个时候对于全外显子的数据进行重新分析就具有非常大的意义。第二部分，如果在临床不断努力下对于这个case有了一些新的临床诊断，这也是非常有意义的。我们也有一个case，一开始分析的时候，无论是二代测序做点变异检测，还是CNV检测都没有很好的发现。之后一段时间临床医生一直在对这个case进行深入研究，限制到某一个综合征上面，然后他们把这个case发回来给我们，让我们看看这个综合征。我们基于这个反馈把基因限定到那个综合征相关的两到三个基因上，在数据上查看了每一个外显子。后来发现这个case里有一个非常小的纯合缺失，刚好完美地避开了二代测序跟CNV的检测范围，最终帮助这个家庭找到了患者的致病原因。

    我觉得这些都是重分析发起的一些非常重要的因素。最后再说一下发起这种重分析以后，机构需要非常注意的是一定要用一些最新的研究进展来重新对这个case的数据进行生信分析，以及基于新提交的临床表型进行医学遗传分析。

    谢谢大家！